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差分密度即为多个体系的密度之差。如考察A和B的结合，可考察D(AB)-D(A)-D(B)，其中D为密度。由此可以直观展现A和B结合前后电子密度在何处积累、又在何处减低。差分密度通常以等值面的方式展示。 相关的概念为重组密度（deformation charge density），指的是总体的密度减去构成总体的各原子单独存在时的密度。
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