蛋白质是具有特定氨基酸序列的生物大分子，是基因表达的产物，也是细胞中行使功能的单位，对蛋白的序列、结构和功能的解析有助于了解其在生命体内的作用机制。

蛋白质结构分为4个层次

初级结构：蛋白质的氨基酸序列

二级结构：如α-螺旋和β-折叠片

三级结构：蛋白质折叠的三维构想

四级结构：蛋白质各亚基的空间排布及互作

蛋白质的结构测定通常有X射线晶体衍射技术、核磁共振波谱技术和冷冻透射电子显微镜技术，而通过实验测定的结构数据不足以描述蛋白质复杂的结构，因此通过计算模拟的方法来预测蛋白质的结构信息具有重要意义，也是实验数据的重要补充和验证。

蛋白质动态构象模拟的最常用的计算方法是分子动力学，其中同源性建模(homology modeling)在预测该未知蛋白精细结构方面会发挥非常大的作用，其结果可以帮助研究者了解目标蛋白的结构性质，并可用于药物筛选、发现某种疾病的潜在治疗药物，或者研究靶标与药物的相互作用模式等。

同源建模的流程：

（1）搜索与靶蛋白序列相关的已知蛋白三维结构。将靶蛋白序列与PDB中的所有蛋白序列进行比对，找出序列相似的结果；

（2）挑选模板，将得到的相似结果作为潜在的模板，一般来说对于具有同源蛋白的序列（同源性大于30%），需要选择一个或多个合理的结果作为模板。